A magyar székvárosban, Budán és a szomszédos Csepel-szigeten a történeti hagyomány szerint már IV. Béla korában, a tatárjárás után megjelennek az első horvátországi betelepülők, akiket a király hozott magával miután a mongol seregek elől 1242-ben a dalmáciai Trau (Trogir) városában lelt menedékre.
Az Anjou-korban, Zsigmond és Mátyás királyok uralkodása idején a királyi udvarban horvát főurak is éltek, s Zágráb, a dalmát városok, vagy Dubrovnik (Raguza) kereskedői is időről időre megtelepedtek a Duna parti városban. Hunyadi Mátyás reneszánsz udvarában számos horvát művész élt. A legjelesebb köztük a traui születésű Ivan Duknović (Giovanni, vagy Johannes Dalmata), Mátyás király udvari szobrásza, illetve a Jagelló-korban Budán dolgozó jeles miniaturista, Julije Klović (Giulio Clovio Croata) volt.
Buda török kézre kerülése után a 16-17. században a városban boszniai katolikus horvát népesség telepedett le, elősorban a Vízivárosban, valamint Pesten is. Ugyancsak tudomásunk van dubrovniki kereskedők jelenlétéről a török hódoltság idején. A város felszabadulása után is jelentős számban laktak horvátok mind a már említett Vízivárosban, mind pedig a Tabánban, a Szent Katalin templom körül, de kisebb kolóniájuk Pesten is élt, s volt horvát népessége a környező falvaknak is (Csepel, Érd, Törökbálint). Lelki gondozásukról a török időkben, de utána is, egészen 1757-ig boszniai ferencesek gondoskodtak. Budán létesült 1722-ben a bosnyák (majd a Kapisztrán Szent János) ferences rendtartomány rendi felsőoktatási központja, a Studium generale is, a vízivárosi Szent Ferenc Sebei templom mellett épült kolostorban.
A magyar fővárosban működött a 18. században az egyetemes horvát művelődéstörténet szempontjából is kiemelkedő jelentőségű budai horvát kultúrkör, s itt készítette el az első, (1831-ben nyomtatásban is megjelent) teljes horvát Biblia-fordítást Katancsics Péter Mátyás (Matija Petar Katančić), a pesti egyetem tanára.
A 19. század második felében a budai és pesti horvátság fokozatosan nyelvet váltott, magyarrá vált, bár a Tabánban és Csepelen még a huszadik században is éltek néhányan. A mai Budapesten lakó horvátok túlnyomó többsége a második világháború után költözött mai lakóhelyére Magyarország horvát kisebbség által lakott településeiről. Ma a fővárosban horvát gimnázium és általános iskola működik, itt található a hazai horvátok könyv- és lapkiadó vállalata is, s itt adják ki a magyarországi horvát kisebbség hetilapját. Budapesten fővárosi szinten, valamint számos kerületben is létezik horvát kisebbségi önkormányzat, de itt van az Országos Horvát Önkormányzat székhelye is.